Messenger lze dnes používat i bez Facebooku - při registraci stačí zvolit přihlášení přes telefonní číslo a vytvořit účet jen pro Messenger. Pokud hlásí, že se „přihlašujete příliš rychle", jde obvykle o dočasné omezení kvůli mnoha pokusům: zkuste pár desítek minut počkat, zavřít a znovu otevřít aplikaci a ověřit, že máte nejnovější verzi z App Store. Pomáhá také restart telefonu, kontrola stabilního připojení a případně přihlášení přes mobilní data místo Wi-Fi (nebo naopak). Když to nepůjde ani po čase, ověřte zadané telefonní číslo a ověřovací SMS kód; u opakovaných potíží je nejjistější zkusit účet vytvořit znovu s čerstvým ověřením čísla.
